En tant que transporteur, la SNCF a rédigé un cahier d'acteurs dans le cadre du débat public du projet Paris - Orléans - Clermont - Lyon, dans lequel elle se prononce clairement pour le tracé médian. Elle justifie cette position par le fait qu'elle répondrait, selon la SNCF, aux objectifs assignés au projet, à savoir mettre Clermont à moins de deux heures de Paris, et de proposer un temps de trajet comparable à la LGV existante entre Paris et Lyon. De surcroît, le tracé médian permet d'irriguer Bourges par la gare existante, mais également Nevers et Moulins qui constituent deux agglomérations contribuant au remplissage des trains Corail actuels. La SNCF considère que le tracé ouest-sud fortement soutenu par la Région Auvergne avantage exagérément Montluçon au détriment de Bourges, Nevers et Moulins.

Elle semble même enfoncer le clou en expliquant en termes choisis que le tracé ouest-sud, trop axé sur la seule relation Paris - Clermont, ne permettrait pas d'assurer le niveau d'offre actuel des Corail sur Clermont, dont la fréquentation est aussi le fait du trafic généré par les gares de Nevers et Moulins.

Elle suggère donc un tracé Paris - Nevers - Roanne - Lyon, avec raccordement au sud de Nevers pour desservir Moulins, Vichy et Riom, et une bretelle pour rejoindre Bourges et sa gare actuelle.