La ligne Besançon - Le Locle, surnommée ligne des Horlogers, sera mise à l'arrêt à partir du 1er mars et jusqu'au 21 octobre pour procéder à des travaux de renouvellement qui porteront sur 35 km du parcours, avec à la clé la mise en accessibilité des gares du Valdahon et de Morteau. L'investissement sur ce point est de 49 M€. Ces chantiers permettront de lever les ralentissements et de procéder à quelques ajustements à la hausse des vitesses en étendant le domaine parcourable à 90 km/h, alors que la vitesse actuelle descend jusqu'à 50 km/h.

En outre, pour assurer la continuité des dessertes transfrontalières, la Suisse a finalement accepté la solution consistant à installer le KVB (quelle modernité !) entre Le Locle et La Chaux de Fonds pour que les X73500 puissent circuler malgré la dépose des équipements Signum, du fait de la généralisation de l'ERTMS niveau 1 sur la ligne. Cet investissement de 5,5 M€ permettra ainsi de temporiser, dans l'attente d'un matériel français équipé ERTMS... et de l'équipement de la ligne, au moins sur sa section frontalière depuis Morteau.

Au total, les 55 M€ sont financés par l'Etat (40,8 %), la Région Bourgogne Franche-Comté (40,8% aussi), l'Union Européenne (10,8 %) et SNCF Réseau (7,6 %).

Les travaux ne prévoient pas d'investissements pour augmenter la capacité de la ligne, différés à une phase ultérieure, probablement au-delà de 2024, du fait des budgets nécessaires, et de discussions à poursuivre sur la future organisation entre Morteau et la Suisse : le besoin est là (jusqu'à 15 000 véhicules par jour au col des Roches) mais il faudra une convergence entre les collectivités en charge des transports, et probablement des Etats, pour la mettre en oeuvre. Côté Suisse, la confirmation du projet de ligne nouvelle entre La Chaux de Fonds et Neuchâtel pourrait être l'occasion d'envisager, outre des navettes locales entre Morteau et La Chaux de Fonds, des dessertes franco-suisse de Besançon à Neuchâtel. Mais il faudrait pour cela utiliser la traction électrique de bout en bout...