Après 7 mois d’exploitation, la réouverture de la ligne Belfort – Delle ne fait pas le plein mais difficile d'y voir clair, car les chiffres avancés par la Région et les élus locaux, favorables ou opposés au projet, sont divergeants. Ceci dit, ce qui est certain, c'est que le trafic est très inférieur aux prévisions initiales de 3700 utilisateurs par jour.

Résultat, les recours des opposants au projet ont reçu un écho favorable et la Déclaration d'Utilité Publique de l'opération de réouverture a été annulée par le Tribunal Administratif de Besançon. Mais il n'est pas question de fermer la ligne ou de revoir le montant des indemnisations liées aux acquisitions foncières menées dans le cadre du projet notamment pour la nouvelle gare de Danjoutin.

L'annulation de la DUP met donc les pieds dans le plat sur l'utilisation actuelle de cette ligne et surtout sur le plan de transport unaniment décrié, avec des correspondances trop courtes entre les trains français et les trains suisses pour aller de Belfort vers Delémont, puisque les rames des CFF venant de Bienne sont admises jusqu'à Belfort-Montbéliard TGV... mais pas jusqu'à Belfort Ville.