Il aurait quasiment fallu un miracle pour que la Commission Européenne change d'avis. Sans surprise donc, la fusion Alstom-Siemens est rejetée, arguant que la nouvelle entité se retrouverait dans certains domaines, notamment la signalisation et la grande vitesse ferroviaire, dans une situation de quasi monopole, de nature à entraîner une hausse des coûts du fait de cette situation ultra-dominante. Les mesures compensatoires proposées par les deux entreprises ont été jugées insuffisantes, notamment concernant la cession d'une partie des activités de signalisation, dont les conditions réelles ne sont pas apparues suffisamment solides. Sur le domaine de la grande vitesse, la Commission n'a pas été convaincue par les argumentations développées par les deux ex-futurs-mariés sur l'intérêt de la fusion alors que les produits assez distincts restaient dissociés et sur la proximité d'une percée massive des industriels chinois sur le marché européen. Plus de 90% des activités du géant chinois CRRC sont en Chine et sa présence sur les appels d'offres européens reste complètement marginale. En réalité, le péril asiatique pourrait plus venir du rachat de sites de production pour des implantations locales : importer des trains depuis la Chine n'est tout de même pas la solution la plus simple ni la plus économique, ce qui, au final, maintiendrait la pertinence des productions européennes.

La Commission Européenne a manifestement choisi d'écouter positivement les réticences de plusieurs acteurs ferroviaires européens, en particulier les instances de régulation, qui pointaient les conséquences de la concentration sur les coûts de fourniture des équipements, en particulier la fourniture de l'ERTMS, mais aussi sur les CBTC dans le domaine du transport urbain.

Il est difficile de ne pas considérer que cette fusion sous l'égide de Siemens, sous couvert d'un péril chinois, assurait surtout au nouveau groupe une position très dominante sur le marché européen dans le domaine ferroviaire comme dans celui de l'urbain (métro, tramway), pour conforter ses positions face à Bombardier d'abord, CAF et Stadler ensuite, qui essaient d'agiter la concurrence sur certains marchés en particulier urbains. 

En outre, on ne peut pas non plus passer sous silence que, dans un passé récent, Alstom arguait devant l'Etat de sa sur-capacité de production par rapport au marché, avec la menace de fermeture de certaines usines. La fusion aurait posé, à plus grande échelle la même question, d'autant plus que le géant européen se serait retrouvé avec des produits assez fréquemment redondants... sauf pour la grande vitesse, avec un clivage très franco-allemand entre le TGV Duplex et l'ICE, le premier étant très orienté sur les besoins français (du moins ceux de la SNCF).

Le gouvernement français n'a pas tardé à réagir en considérant la décision de la Commission comme une erreur politique affaiblissant l'industrie européenne. A l'inverse, la Commission considère que l'environnement industriel ne sort pas forcément grandi d'une dépendance à quelques entreprises de très grande taille, tirant les prix à la hausse. Les vétos de la Commission Européenne sont rares, représentant à peine 0,5% des cas de fusions entre entreprises européennes qu'elle examine.