Les 900 km de lignes capillaires dites prioritaires, c'est à dire concentrant les plus importants tonnages potentiels, nécessitent selon le GIE Objectif OFP un budget de 100 M€ pour assurer leur pérennité. Aujourd'hui, seuls 60 M€ sont alloués par l'Etat et SNCF Réseau pour réaliser des travaux permettant de circuler à 30 ou 40 km/h sur ces lignes de proximité desservant des silos céréaliers ou des entreprises industrielles clientes du rail.

En 2016, 83,6 km de lignes seront rénovés, avec parfois le concours des Régions, comme en Région Centre où deux lignes seront mises en chantier : il s'agit de Blois - Villefrancoeur et Vendôme - Montoire. En Aquitaine, la section La Gorp - Bec d'Ambès restaurera des conditions correctes d'accès aux installations chimiques du port de Bordeaux. En Lorraine, la section Neufchâteau - Gironcourt et la ligne champenoise Verdun - Dugny seront également traitées. Toujours en 2016, il est aussi prévu d'ouvrir les installations ferroviaires du terminal multimodal du port du Havre, qui connaît actuellement de grandes difficultés puisque son gestionnaire est en faillite, faute de trafics suffisants. L'ouverture des installations ferroviaires est donc particulièrement attendue, témoignant des difficultés que rencontre la France à connecter sa façade maritime, la plus importante d'Europe, avec son hinterland grâce au réseau ferroviaire. Pendant ce temps, le transport routier s'arroge les trafics. Le succès de la combinaison rail - mer est en revanche confirmée à La Rochelle et le lancement en janvier 2016 de l'OFP du port de Bayonne devrait agréger un important trafic céréalier, en intégrant notamment la ligne Mont de Marsan - Tarbes dans son périmètre de chalandise.

En 2017, 5 lignes en Champagne-Ardennes sont prévues, totalisant 236 km de voies. Il est notamment prévu de traiter la section Oiry - Esternay, longue de 70 km, grâce à un concours régional à hauteur de 6 M€. Cependant, SNCF Réseau indique que les travaux ne permettront pas d'assurer la pérennité de la ligne au-delà de 2022. L'OFP Régiorail Champagne-Ardennes a d'ores et déjà annoncé sa candidature à la reprise de la ligne pour la gérer comme une longue installation terminale embranchée en la sortant du réseau ferré national.

Il est aussi question de lancer deux projets en Rhône-Alpes autour des lignes Saint Rambert d'Albon - Beaurepaire et Bellegarde - Gex. En revanche, l'Auvergne est une terre d'inquiétudes, notamment sur le devenir de la ligne du Mont-Dore (trafic d'eaux minérales) et Béziers - Neussargues (trains de coïls pour l'usine Arcelor de Saint Chély d'Apcher).