Les difficultés rencontrées lors de la construction du tunnel de Champel ne sont pas sans conséquences sur le projet CEVA, tant au niveau du calendrier, puisque la mise en service est reportée en 2019, que du coût de l'opération puisque 200 MCHF de surcoûts sont désormais confirmés. Cependant, si la majorité de ce dépassement provient de ces problèmes géologiques, tout ne leur est pas imputable. En effet, pas moins de 45 MCHF, soit près du quart de l'enveloppe, provient de choix architecturaux : en confiant à Jean Nouvel la conception des gares souterraines, les CFF ne s'attendaient probablement pas à découvrir que les choix d'aménagement aient un si fort impact sur les coûts. Sont notamment en cause les briques de verre censées diffuser la lumière naturelle jusque sur les quais. Selon La Tribune de Genève, ces 1500 briquesde 6 formes différentes, dont certaines font plus de 5 m de long et près de 3 m de large sur 45 cm d'épaisseur doivent être fabriquées sur mesure pour CEVA. Et cela a un coût. Mais rien n'est trop beau pour un grand architecte !