Après l'ARAF, c'est l'Autorité de la Concurrence qui émet des réserves sur la réforme ferroviaire et la réalité de l'indépendance du gestionnaire d'infrastructures. L'instance "considère que l'équilibre souhaitable entre les deux objectifs que sont d'une part, l'intégration industrielle du nouvel ensemble, facteur d'efficacité économique, et, d'autre part, l'indépendance de la gestion des l'infrastructure, indispensable au développement d'une concurrence équitable, n'est pas atteint".

En particulier, l'Autorité de la Concurrence demande :

  • que les représentants du groupe SNCF ne participent pas aux décisions sur les fonctions essentielles du gestionnaire d'infrastructures,
  • que l'indépendance des gares soit encore renforcée afin que cette activité soit strictement indépendante de celle de SNCF Mobilités,
  • une clarification du rôle et de la consistance de l'EPIC de tête
  • un renforcement des pouvoirs de l"ARAF

Dès octobre 2013, l'Autorité de la Concurrence avait jugé insuffisantes les mesures visant à séparer l'activité infrastructures de celle du transporteur dans un ensemble unifié. Ses recommandations avaient été écartées par le gouvernement et le parlement.