La LGV Rhin-Rhône a permis la renaissance d'une section délaissée du réseau ferroviaire avec la liaison Besançon - Devecey, utilisée par les TGV entrant ou sortant de la ligne à grande vitesse et les navettes TER entre les deux gares.

Une autre ligne est concernée : la liaison  franco-suisse Belfort - Delle - Delémont, et plus particulièrement la section Belfort - Delle, fermée il y a une trentaine d'années.

Les travaux consistent en la rénovation de l'infrastructure sur 20 km, l'électrification en 25 kV monophasé, la mise en place d'une signalisation automatisée, le traitement des 20 passages à niveaux (dont 6 seront fermés, 2 gérés par dénivellation et 12 par mise aux normes), la rénovation de 6 stations TER et de 2 gares et l'interconnexion avec le réseau suisse, la liaison étant, évidemment, active de l'autre côté de la frontière.

La desserte comprendra 17 relations Belfort - Delle - Porrentruy - Delémont - Bienne et 6 Belfort - Delle, qui desserviront la gare TGV de Méroux, avec une fréquence à la demi-heure en pointe et à l'heure en journée. Le trafic attendu est estimé à 3800 voyageurs par jour. Delle sera à 25 minutes de Belfort. La gare TGV de Méroux sera à 10 minutes de la gare de Belfort. La liaison Belfort - Bienne s'effectuera en 1h43 et le Jura suisse pourra donc accéder commodément au réseau à grande vitesse français pour rejoindre Dijon, Paris, Lyon et la vallée du Rhône.

Il est plus que probable que les liaisons franco-suisses seront assurées en matériel des CFF, probablement des Flirt.

Le coût de l'opération est de 115 millions d'euros financés aux deux tiers par la Suisse, avec une mise en service attendue fin 2015.