Après la réouverture de Cannes - Grasse et la modernisation d'ampleur de Marseille - Aix-en-Provence, un troisième axe du réseau ferroviaire provençal est en travaux : Marseille - Aubagne. La ligne de la vallée de l'Huveaune doit supporter à la fois les liaisons nationales TGV et Corail reliant Paris et Bordeaux à Nice, et le cortège de dessertes TER Intercités Marseille - Nice et les liaisons avec Hyères, Toulon et Aubagne. Le tout devant faire cohabiter des politiques d'arrêt bien différentes sur les deux voies existantes.

Serpent de mer dans les eaux méditerranéennes depuis plus de 25 ans, la troisième voie Marseille - Aubagne est enfin en chantiers et devrait être mise en service en 2014. Longue de 13 km, elle sera dédiée au trafic omnibus et sera dotée d'un point de croisement dans la nouvelle gare de La Barasse. Le financement des 250 millions d'euros est porté par l'Etat, la Région, le Département et RFF.

Les trains sans arrêts entre Marseille-Blancarde et Aubagne circuleront sur les voies existantes. Après cinq années de travaux et 250 M€ d'investissement, la future desserte devrait comprendre en heures de pointe 3 omnibus Marseille - Aubagne, 1 direct Aubagne puis omnibus Toulon/Hyères et un 1 direct Toulon chaque heure. 200 trains (toutes activités confondues) sont prévus en 2014 contre 83 actuellement.

Des travaux sont également prévus en gare de Marseille Saint-Charles pour augmenter sa capacité d'accueil en faveur des dessertes régionales tandis que la gare d'Aubagne sera dotée d'un terminus central comprenant deux voie. 

La gare de Marseille-Blancarde devrait alors devenir un pôle d'échanges majeur puisqu'elle sera desservi dès 2011 par le prolongement de la ligne 1 du métro, en plus des deux lignes de tramway actuellement en service.

Trois passages à niveau seront supprimés et trois passerelles créées.

Petit à petit, le réseau ferroviaire marseillais sort d'une certaine léthargie et les contours d'un réseau d'agglomération commencent à apparaître.